复旦大学附属上海市第五人民医院为三级乙等综合性医院，创立于 1904 年，前身为英国人建造的「西人隔离医院」，院址旧称靶子路 41 号（现武进路 85 号）。1939 年由日本同仁会接办，改称「同仁会医院」。1945 年收归国有，定名为「上海市市立第五医院」，新中国成立后，命名为「上海市第五人民医院」，我国一代名医张涤生、李宝实、张锡泽、彭友珍、陶滦、应元岳、马永江等均曾在医院工作过。1960 年 2 月，为配合闵行工业基地的建设，医院整体迁址于闵行鹤庆路 801 号。1961 年原上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）正式将医院作为临床教学基地。医院一度又称「上海市闵行区中心医院」、「上海市工农医院」。1984 年 11 月，医院恢复使用「上海市第五人民医院」院名。1989 年，经上海市教委、上海市卫生局和上海医科大学再次认定为原上海医科大学教学医院。
1998 年 9 月，闵行区人民政府和原上海医科大学正式签订了区校共建协议，2004 年 10 月，在医院建院 100 周年之际，经上海市卫生局和上海市教委考核后批准，正式成为复旦大学附属医院，同时签订第二轮区校共建协议。
