南方医科大学深圳医院是新医改形式下，由深圳市政府按照三甲医院标准投资新建的一所公立医院，按照「管办分离」的模式委托南方医科大学全面管理，成为南方医科大学第六所直属附属医院。是深圳市政府实施医疗卫生「三名工程」和政校合作推进公立医院改革的重大项目，由深圳市政府提供医院运营和可持续发展的政策与经费支持。医院按照国际一流标准设计、建设，规划总床位为 1500 张。一期工程投资 17 亿元，总占地面积 82412㎡，总建筑面积 171204㎡，展开 1000 张床位，设计日均门诊量 8000 人次。医疗设备投入 5 亿元，自动化、信息化投入 1.5 亿元。
医院位于深圳前海的生活休闲区，是前海深港合作自贸区医疗、教育配套服务项目之一，紧临深圳机场、香港机场，汇聚港深西部快速轨道、穗莞深城际线、地铁 1 号线、5 号线、11 号线等多条轨道线，具有独特的区位优势和战略地位。
南方医科大学前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于 1951 年，1979 年被确定为全国重点大学，2004 年 8 月转制整体移交广东省，更名为南方医科大学。现有校本部、顺德校区两个校区、六所直属附属医院（南方医院、珠江医院、第三附属医院、中西医结合医院、第五附属医院、深圳医院）。有院士 3 名、国家重点（培育）学科 5 个、国家临床重点专科 16 个。
