南京同仁医院是由北京同仁医院发起，同仁医疗产业集团和南京江宁经济技术开发区共同投资兴建的三级综合医院，规划床位 1 200 张，一期开放床位 650 张。2007 年 10 月 8 日，医院正式开业，随后相继成为南京医科大学教学医院、东南大学医学院附属医院。2011 年 4 月，医院通过江苏省卫生厅三级医院验评。自 2012 年起，医院连续 5 年位列「中国医院竞争力·非公立医院 100 强」，2015 年以来先后获选「全国最具价值民营医院」，「全国诚信民营医院」。
南京同仁根生于北京同仁，技术上一脉相承，以三级综合医院设置要求为发展方向，以耳鼻咽喉头颈外科、眼科优势技术为先导，形成了内、外、妇、儿全面发展的综合医院框架。目前，医院设置有 35 个临床医技科室，其中国家临床重点专科 1 个（耳鼻咽喉头颈外科），省级临床重点专科 1 个（耳鼻咽喉头颈外科），市级重点专科 4 个（耳鼻咽喉头颈外科、眼科、神经内科、医学影像科）。同时，南京市卫生局直接授牌的南京同仁儿童医院已经在江宁、南京形成相当的影响力，日门诊量位居全市医疗机构儿科第三名，成为南京市城南的区域儿科中心。
多年来，医院始终秉持「以学科建设为基础的品牌打造」这一理念，着力在医院学科发展方面进行宏观构建，将规范管理的理念与学科建设的内涵进行整合，先后提出了针对术科系统的「集程序化、精细化、质控为一体的教学模式」，针对内科系统的「内科外科化、外科内科化」的慢病管理模式，「人才团队而不是人才梯队」的学科团队构建方式和「对方需求」的服务理念，将规范管理深入到过程、环节和细节。随着这些管理理念的实施，2014 年以来，医院在人才计划和科研项目上屡结硕果，先后有 1 人次入选江苏省「双创计划」人才，1 人次受聘成为江苏省「特聘医学专家」，3 人次入选江苏省「双创计划」创新团队，获得国家自然科学基金和江苏省自然科学基金等各级科研项目。
从 2010 年取得国家临床重点专科开始，截至 2016 年度江苏省民办医疗机构奖补资金发放完成，医院在学科建设和人才项目上获得来自国家和省级的资金支持已达 1 000 万元。 医院目前是中国医院协会民营医院分会副会长单位，江苏省医院协会民营医院分会主任委员单位，南京市社会医疗机构协会会长单位。
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