杭州市儿童医院是由杭州市政府全额投资新建的一所市属非营利性公立医院，经省卫生厅批准，按三级甲等儿童医院建设，目前核定床位 500 张。
医院于 2009 年 1 月 20 日开张试运行；2012 年 7 月市六医院整体搬迁，医院正式独立运行；2014 年 9 月，医院综合大楼装修改造工程完工，病房床位增至 500 张；同年 11 月，病房、门急诊（除感染科外）陆续迁入新综合大楼，一个崭新的、极富儿童特色的儿童医院已呈现在杭州百姓面前。
目前已开设普内科、普外科、感染科、新生儿科、眼科、儿童保健科、中医科、皮肤科、耳鼻喉科、口腔科等临床科室，日门诊量已达到 2000 余人次，目前开放病房床位 220 张。医院感染科现为杭州市医学重点学科，无论门诊还是住院规模、无论医疗技术还是服务品质均已达到国内较高水平，手足口病更是成为省内重症定点诊治医院。新生儿科、小儿外科为重点发展学科，硬件设施及人才建设都得到了较快的发展。同时，医院承担了省科技厅、省卫生厅、市科技局和市卫计委等多项课题，承接多家高等医学院校教学任务。
2014 年 11 月，医院签约加入了北京儿童医院集团。集团以北京儿童医院为核心，与全国多家儿童医院合作，打造兼具儿科临床和基础研究、护理教学、儿童保健等多种功能的儿科医疗航母，实现了集团内临床、专家、科研、教学、管理、预防六个共享。目前，该集团有 18 个成员，如安徽省儿童医院、南京市儿童医院、郑州市儿童医院等。这 18 家医院，都有各自的优势专科，如北京市儿童医院，儿科界仅有的 3 位院士都出自在那儿；郑州市儿童医院，康复科很强，有 600 张病床；而杭州市儿童医院，感染科比较强。以后对于疑难疾病的诊治，可以邀请相应的专家来会诊，也可以到相应的医院就诊，或者开展远程会诊。
在人才建设方面医院正通过各类途径引进、招聘儿科多专业人员。现有在职人员 599 人，其中卫生技术人 502 人。
根据市委市政府和市卫计委的要求，市儿童医院将加快建设和发展速度，在医院西侧正在启动新建一幢儿童医疗综合楼，建筑面积 6 万平方米，设计床位 500 张，已经开工，建设周期 3 年。改造和新建工程结束后医院床位将达到 1 000 张。通过引进先进的设计和管理理念，新建的杭州市儿童医院将会成为一所管理现代化、服务品质化，充分体现儿童特色的现代化医院。
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