西南医科大学附属医院创建于 1950 年，是四川省卫生健康委直属三甲综合医院、四川省医学中心和区域医疗中心。经过 75 年接续发展，现已成为集医疗、教学、科研、预防和康复为一体的综合性临床教学医院。
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西南医科大学附属医院重症医学科成立于 1997 年，经过 20 余年的发展，已成为川渝滇黔结合部重症医学临床、教学及科研中心，并于 2021 年获批成为 2021 年国家临床重点专科建设单位。目前共有编制床位 30 张，忠山院区 20 张，康建院区 10 张。现有医护人员 118 名，其中具有高级职称的 12 人，博士 1 人、硕士 23 人，硕士生导师 2 人。
西南医科大学附属医院妇科于 1989 年从妇产科中独立成科，2018 年底正式由四川省卫健委授牌成立 「四川省妇科及乳腺疾病治疗中心」，并于 2021 年获批成为四川省临床重点专科建设单位。
西南医科大学附属医院儿科创建于 1951 年，经过几代儿科工作者们的不断努力，儿科得到了长足的发展，现已发展为包括儿一科、儿二科、新生儿科、儿童保健科、 PICU 和儿科急诊门诊在内的四川省重要的儿科临床诊治中心、科研和人才培养基地，并于 2022 年获批成为 2022 年四川省临床重点专科建设单位。
西南医科大学附属医院呼吸与危重症医学科下设呼吸一组、呼吸二组、呼吸三组，科室于 2022 年获批四川省临床重点专科建设单位。
西南医科大学附属医院麻醉科是四川省麻醉专科医师培养基地，四川省麻醉学专业本科人才培训基地，并于 2022 年获批成为四川省临床重点专科建设单位。主要工作领域包括临床各手术学科麻醉、重症病人的抢救和治疗、术后镇痛、无痛诊疗、以及日常麻醉学教学及麻醉学研究生培养等。
西南医科大学附属医院心脏大血管外科是四川省重点学科、药物临床试验基地、硕士研究生的培养点，曾成功开展四川省首例心脏移植术和连体婴儿分离术，于 2022 年获批成为四川省临床重点专科建设单位。科室现有编制床位 45 张，PI 实验室 1 间，医护人员 38 人，其中，专职科研人员 1 人，高级职称 8 人，中级职称 4 人，博士研究生导师 2 人，硕士研究生导师 6 人。
西南医科大学附属医院肿瘤科成立于 1968 年，1997 年成为川南肿瘤防治中心，是省内最早开展放化疗的单位之一，并于 2022 年获批成为四川省临床重点专科建设单位。科室下设肿瘤一组、肿瘤二组、肿瘤三组，现有编制床位 165 张。