广州市妇女儿童医疗中心是华南地区规模最大的一所集医疗、预防、保健、康复、科研、教学为一体的公立三级甲等妇女儿童专科医院。是国家儿童区域医疗中心（中南）、第二批国家区域医疗中心建设输出单位、全国现代医院管理制度试点单位、广东省高水平医院第二批重点建设医院，拥有国家临床重点专科5 个，省临床重点专科 8 个。连续 12 年进入百强，2022 年全国综合排名第 68 名，儿外科专科位列全国第 5 名、儿内科位列全国第 8名、罕见病位列全国第 8 名。
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儿童呼吸科为卫生部国家临床重点专科，同时被评为「儿科支气管镜临床应用和技术推广先进单位」和「广东省高水平临床重点专科」「广东省医院最强科室」、「广东省儿科呼吸护理培训基地」、「国家呼吸疾病临床研究中心分中心」、「中华医学会儿童支气管镜培训基地」、「呼吸与危重症医学专科肺功能进修基地」、「广东省基层儿科哮喘规范诊治示范培训基地」、「中南儿科呼吸联盟主任委员单位」等。
广州市妇女儿童中心消化科成立于 1987 年，经过 32 年的发展和创新，目前集临床、教学、科研于一体，已经成为华南地区知名的小儿消化专科。
广州市妇女儿童医疗中心感染性疾病科为广东省级儿童传染病危重症集中救治和应急物资集中储备基地主要部门。
儿童肾内科成立于 1980 年，现有在职肾内专科医师 18 人，专科护士 18 人。其中主任医师 6 人，副主任医师 4 人，主治医师 2 人，硕士研究生导师 3 人，博士 3 人，硕士 13 人。
过敏免疫风湿病科（Pediatric Allergy,Immunology & Rheumatology Dept.) 是华南地区最早开办的小儿免疫专科之一，专科综合实力较强。
广州市妇女儿童医疗中心遗传与内分泌科成立于八十年代初，历经三十余年的发展，目前已成为华南地区规模最大、技术力量最强的儿童遗传代谢病与内分泌疾病诊治中心。
血液肿瘤中心成立于 1970 年，经过多年努力，现已发展成由 3 个院区，5 个亚专业组，由门诊部（包括日间病房等）、住院部和科研实验室等组成的综合血液肿瘤性疾病诊治中心，现有床位 121 张。
广州市妇女儿童医疗中心新生儿中心是广东省临床重点专科、广东省重症新生儿救治中心、广东省重症新生儿远程会诊中心，国家新生儿专科医师培训基地。
儿科重症监护室（PICU）成立于 1988 年，是广州市重症儿童救治中心的重要组成部门之一，广州市高水平医院建设重点培育平台之一。
广州市妇女儿童医疗中心神经内科始建于 1960 年，经过近半个多世纪的发展，已成为华南地区规模最大的集临床医疗、教学和科研于一体的儿童神经及心理专科。
广州市妇女儿童医疗中心心理科于 2003 年开设心理门诊，集临床、教学、科研为一体的专业科室，长期开展儿童和青少年心理疾病和心理卫生问题的临床工作，并承担广州医科大学儿科学院及心理系相关内容的教学、见习生实习生的临床带教，主持及参与国家自然科学基金、省科技厅、卫生厅和卫生局科研课题多项。
康复科是医院重点专科、市临床特色技术项目单位，设有专科门诊、康复病房与中国内地首家「座椅银行」；建有脑瘫儿童病例库、血液标本库、网络化信息平台、EDC 随访系统；开展高危儿早期康复、神经康复、精神心理康复、骨科康复、急重症康复、中医康复等；应用标准化评估技术、循证康复技术，平均每天为 500 多名儿童提供专业康复服务。
广州市妇女儿童医疗中心临床营养科成立于 2012 年 3 月承担广州市妇女儿童医疗中心（广州市妇幼保健院、广州市儿童医院、广州市妇婴医院、增城院区）4 个院区的住院患者营养会诊、营养专科（儿童营养及围产营养）门诊、营养学术讲座+学术会议以及营养与健康公益活动等方面的工作。
广州市妇女儿童医疗中心儿科急诊 24 小时全天候承担各种小儿急危重症的抢救和治疗工作。
广州市妇女儿童医疗中心门诊普儿科每年服务患者达百万人次，是华南地区服务量最大的医疗科室。
现为广东省中医药学会和中西医结合学会儿科分会的副主任委员单位。
广州市妇女儿童医疗中心胃肠外科是华南地区技术力量雄厚、诊疗范围广、综合实力强的儿童胃肠外科，是国家临床重点专科，广东省重点科室和广州市重点学科，专科综合排名全国第五，2019 年获「广东医院最强科室」，专科影响力辐射全国，是国内开展儿童腹腔镜手术最早、疗效最好的诊疗中心之一，近 2 年来单孔腹腔镜和经自然腔道等无瘢痕手术已广泛开展。
广州市妇女儿童医疗中心肝胆外科是全国重点专科，广州医科大学小儿外科学硕士招生学科。
儿童骨科成立于 1988 年，是华南地区实力排名第一，全国排名领先的小儿骨科专科。
广州市妇女儿童医疗中心小儿泌尿外科目前是华南最大的小儿泌尿外科诊治中心，年收治病例数位于华南地区首位，水平已跻身国内领先。
广州市妇女儿童医疗中心新生儿外科是广州市高水平临床重点建设专科、广东省及全国各地新生儿外科专业培训基地、广东省新生儿专科护士实习基地、广东省国际造口治疗师见习基地，拥有医护人员 50 余人，其中高级职称 5 人。
儿童肿瘤外科隶属于国家重点临床专科（小儿外科）、省市重点建设专科，是华南地区最早的儿童实体瘤专科。开展实体瘤穿刺诊断、微创手术切除、传统手术切除、3D 打印技术辅助肿瘤切除、化疗等综合治疗。
广州市妇女儿童医疗中心眼科成立于 1979 年，专业从事儿童眼病诊疗与儿童眼保健，是中华医学会眼科分会斜视与小儿眼科委员单位、中华医学会儿科分会儿童眼科委员单位、中国妇幼保健协会儿童眼保健副主任委员单位。
广州市妇女儿童医疗中心耳鼻咽喉科为华南地区最大的儿童耳鼻咽喉临床、科研和教学机构，是广州医科大学研究生培养基地、广东省规范化医师培训基地。目前共有三个院区：珠江新城院区、儿童院区、妇婴院区。
广州市妇女儿童医疗中心口腔内科是广东省临床重点专科和国家级住院医师规范化培训基地。现有医生共 15 名，副高以上 2 名，主治 4 名，均具有硕土以上学位，2 人具有博士学位。
口腔正畸科拥有一支技术全面、基础业务扎实的医师队伍，临床、教学和科研在儿童口腔正畸领域长期居省内领先水平。
广州市妇女儿童医疗中心口腔颌面外科（珠江新城、增城院区）是一支医教研相结合的专业团队，广东省重点学科、口腔专业规培基地、2019 年「广东省医院最强科室」，全国口腔综合排名前 100。
广州市妇女儿童医疗中心乳腺外科承担着广州市妇女乳房保健、医疗、科研及乳腺病防治的指导工作，是广州市医师协会乳腺专业医师分会主任委员单位。
广州市妇女儿童医疗中心麻醉与围术期科分为珠江新城院区、儿童院区、妇婴院区和增城院区四个院区，承担全院 15 个手术科室的临床麻醉及手术室外麻醉工作，是以临床医疗、教学、科研为一体的临床一级科室，2019 年成为广州市高水平临床重点专科，发展前景广阔。
广州市妇女儿童医疗中心心脏中心下设小儿心血管外科、心脏重症监护、小儿心内科、心脏功能诊断室和体外循环组 5 个亚专业。
广州市妇女儿童医疗中心是华南地区规模最大的三级甲等妇女儿童医院，其中妇科部门设有妇科肿瘤专科、普通泌尿妇科、微创妇科、妇科门诊、妇科急诊。
广州市妇女儿童医疗中心产科是第一批国家级孕产期保健专科，全国十家示范单位之一；是广东省卫生厅临床重点专科、广东省重点学科、广州市危重症孕产妇救治网顶单位。是广州医科大学临床医学硕士学位和博士学位授权单位、临床医学博士后流动站。
计划生育科是广州市妇女儿童医疗中心的特色科室，专科技术力量雄厚。
珠江新城肿瘤妇科专科是集医疗、教学和科研为一体的特色科室，广东省高水平重点专科，广东医院最强科室（妇科），美国卓越妇科微创中心，广东省 VTE 联盟参与单位的成员科室。
高危产科于 2019 年 2 月 11 日正式开科，由 10 张产前监护床、2 间独立分娩间、2 间手术室、3 间妇产科 ICU 室、1 间新生儿抢救室以及办公区域等多个功能单元组成。
放射科创建于 1953 年，前放射科主任刘立炜主任是我国儿科放射学组创始人之一，现任主任刘鸿圣博士为中国放射医师协会儿科影像专委会委员、广东省基层医药学会放射专委会主任委员，特聘专家叶滨宾教授为前中华放射学会儿科学组组长。我科自创建以来，秉承「设备先进，技术求精；医患同心，携手并进」的理念，不断完善建设规模，提高技术水平，一直引领着儿科影像学的前进与发展。
超声科人员组成硕士研究生学历及以上占 75%，副主任医师职称及以上占 30%。年均检查量约 45 万人次，除常规项目外，目前新开展项目有小儿肿瘤穿刺活检、肺脏超声、小儿消化道超声造影、输卵管超声造影等。科室作为国内最早开展产前超声诊断机构之一，是国家产前超声诊断培训基地，尤其擅长胎儿超声心动图的诊断，承担华南地区产前诊断疑难病例会诊工作。
广州市妇女儿童医疗中心介入血管瘤科成立于 2008 年，是国内儿童专科医院最早成立的介入专科，也是国内最大的儿科介入与血管瘤血管畸形综合诊治中心。
临床检验部由珠江新城院区检验科、儿童院区检验科、妇婴院区检验科、增城院区检验科和病理科组成。
药学部下辖专业科室包括门诊药房、中药房、中心药房、静脉用药调配中心 PIVAS、临床药学室以及国家临床药师培训基地、国家药物临床试验机构（GCP 办公室）等。
广州市妇女儿童医疗中心病理科属于临床检验部，承担珠江新城院区、儿童院区和妇婴院区的病理外检任务，外检量达三万余例，细胞学检测量达三万余例。
产前诊断专科始是国内较早、广东省内最早开展遗传病诊断和产前诊断的单位，是国家级及省级产前诊断技术人员培训基地。
