2001 年,为配套厦门经济特区建设,着力打造厦门市优势医疗品牌学科,造福一方百姓,厦门市委市政府会同海外华侨及国际知名学者,投资兴建厦门市心血管病研究大楼(振河大楼),成立厦门市心脏中心。2011 年,厦门市心脏中心作为公立医院改革试点,相对独立,成为全国公立医院中首家人事、财务独立运作管理的医学中心。

2014 年,为将心脏中心进一步打造成为海峡西岸权威专科医疗机构,跻身全国先进行列,与国际接轨,市委市政府正式决定中心全面独立,选址五缘湾畔建设新院区。2015 年,更名为厦门市心血管病医院。2016 年 9 月,通过福建省高等医学院校非直属附属医院评审,成为厦门大学附属心血管病医院,厦门市心脏中心为第二名称。

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