南方医科大学深圳医院是深圳市医疗卫生「三名工程」的重大项目，由深圳市政府按照三级甲等医院标准投资新建的市属公立医院，按照「管办分离」的模式委托南方医科大学管理，成为大学的第六所直属附属医院。
医院总占地面积 82412 ㎡，规划总床位为 2 500 张。一期工程投资 20 亿元，建筑面积 171204 ㎡，展开床位 1 000 张，设计日均门诊量 8 000 人次。
南方医科大学深圳医院将以大学整体资源和深圳医疗卫生「三名工程」政策为依托，发扬深圳与南医人敢为人先的精神，用五年时间建成集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，为深圳市人民的生命健康、城市的可持续发展做出贡献。
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